Linux查看和去除文件的空行

做Coregenome SNP分析时，有时参考基因组的pep文件有空行，总是导致分析过程中出错，最后获取不到coreSNP信息。遇到几次，每次都是打开pep文件逐行查看是否有空行。这次记录下上次的解决方案，备后续使用。还是整理成脚本，每次跑程序前过滤一遍。

此方法可以手工逐个解决空行查看和删除空行上一行>后问题。

直接提取非空行

方法三：

方法四：

sed命令行格式：sed [options] 'command' file(s)

options常用选项：

-n或--quiet或——silent：仅显示script处理后的结果

-e：以选项中的指定的script来处理输入的文本文件

-f：以选项中指定的script文件来处理输入的文本文件

-r∶sed 的动作支援的是延伸型正规表示法的语法

-i∶直接修改读取的档案内容，而不是由萤幕输出

-h或--help：显示帮助

-V或--version：显示版本信息。

Command常用命令：

a：新增，a 的后面可以接字符串，而这些字符串会在新的一行出现(目前的下一行)

c：取代，c 的后面可以接字符串，这些字符串可以取代 n1.n2 之间的行

d：删除，d 后面通常不接任何字符串

i：插入，i 的后面可以接字符串，而这些字符串会在新的一行出现(目前的上一行)

p：列印，亦即将某个选择的资料印出。通常 p 会与参数 sed -n 一起运作

s：取代，可以直接进行取代的工作，通常与正规表达式搭配使用。

实例说明：

新增 *** 作：a命令

sed '/^bird/a\test' file将test追加到 以bird开头的行后面

删除 *** 作：d命令

sed '/^$/d' file #删除空白行

sed '2d' file #删除第二行

sed '2.$d' file #删除第2行到最后一行

sed '$d' file #删除最后一行

sed '/^bird/'d file #删除所有开头是bird的行

插入 *** 作：i命令

sed -i '3i\bird ' bird.conf #在bird.conf文件第3行之前插入bird

替换文本中的字符串：s命令

sed 's/bird/birds/' file #将文本中的bird替换成birds

sed -i 's/ bird / birds /g' file #将file文件中每一行的第一个bird替换为birds

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