但是有一点你必须明白:.ab1文件是测序仪出的报告文件,里面的内容只有峰位置信息及样品信息还有一些仪器运行参数。序列信息是根据峰位置,通过软件做出的修正结果。峰图是因,序列是果。你改动的只能是分析出的结果,而不可能是峰型。也就是说,你可以文件中读出的G改成C/T/A,但是你不可能把黑色的G峰改成别的颜色的峰。
当然你也可以自己下载AB的Sequence Scanner软件,它也可以修改一下结果。
一般用Analysisi 5.2修改,是ABI3730仪器自带的。客户看峰图一般用Chromas软件。
测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可百度)打开。
如下图四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度,正常的峰图,波峰与波谷清晰,峰与峰之间的距离均匀。比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰。
测序结果的前几十bp不能用指的是下图中黄色区域标出的区域;在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据,以免影响分析结果。
在使用PCR产物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的,所以检测不到信号,在测序结果中也找不到引物的序列,如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以找到PCR引物。
测序公司给出的峰图在1000~1200bp之间,但超过800bp后的各种波之间有重叠,波峰有钝化现象,碱基与碱基间的距离有时突然加大(此图中的812bp~813bp),这些现象都会影响结果的准确性,所以只能做为参考.所以说有效片段为800bp左右。
AB1文件格式是科学仪器或生物工程测序分析软件生成的DNA原始数据文件格式,包括DNA的氨基序列信息,必须通过DNA可视程序才可以读取里面相应的数据,一般可以用Chromas或Bioedit打开。可打开AB1文件的软件: GSL Biotech SnapGene, Applied Biosystems Sequencing Analysis Software, BioEdit, Geospiza FinchTV, Technelysium Chromas Lite or ChromasPro, CubicDesign DNA Baser。欢迎分享,转载请注明来源:内存溢出
评论列表(0条)