Vina分子对接小分子配体预处理

前面的一节中，已经介绍完Vina分子对接中大分子的预处理过程；这一节中主要介绍小分子逗虚氏的对接前的预处理的步骤。所用到的预处理软件仍然是Autodocktools软件；

1 将已经准备的小分子配体的mol2格式文件放入默认文件夹，点击ligand-input-open；

2 在默认文件夹中点击小分子文件打开，在这个过程中自动加氢并且合并非极性氢；

3 查看小分子配体可旋转键的数目

4 该配体含有六个可旋转的键，点击Done即可；

5 点击output，将小分子誉裂文件转换成pdbqt格式；

8  已经设置后山散的小分子配体文件会自动保存在默认的文件夹中。

好了，以上就是Vina分子对接中小分子配体的预处理方案；有问题请下方留言或者关注木初。

这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。

在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。

比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：

％mol2topdbq macro.mol2 >macro.pdbq

%addsol macro.pdbq macro.pdbqs

但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：

$mol2fftopdbq macro.mol2 >macro.pdbq

$addsol macro.pdbq macro.pdbqs

对于小分子配体文件，要用deftors命令。

用法

$deftors lig.mol2

会提示定义环，选1－改亩>c－>c就可以了。

这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量 *** 作了。

nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。

在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格迅空点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点亩歼瞎参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。

在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。

jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。

上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。

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