pfam域是什么

数据库

Pfam数据库是一系列蛋白质家族的集合，其中每一个蛋白家族都以多序列比对和隐马尔科夫模型的形式来表示。

pfam数据库是一个蛋白质家族大集合，依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs的）。蛋白质中，一般由一个或多个功能区构成，这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。Pfam有两个组成部分：Pfam-A和Pfam-B。Pfam-A的质量比较高，是人工筛选的

看一个基因属于什么家族可以采用hmmer搜索的方法。

1、查询要研究的基因家族的Pfam编号。

2、到pfam数据库当中根据编号下载对应的保守结构域的隐马尔科夫模型。

3、用hmmer根据你下载的隐马尔科夫模型搜索鉴定自己物种中的基因家族。

---