生信分析平台搭建(十七):服务器配置

生信分析平台搭建(十七):服务器配置,第1张

熟悉完虚拟机配置服务器之后,就可以尝试上手搭建实体服务器了,如果要选购服务器,应该考虑哪些因素呢?如果不差钱,那就好办了,直接选最贵的就好了。在预算有限的条件下。CPU,内存硬盘如何取舍,达到最佳性能,是否需要购买UPS,显卡是否有必要?这些问题,我们一文解决这些疑问。
二十二:服务器配置

1、CPU

CPU是计算机的大脑,计算机的计算主要就是靠CPU来完成,所以,CPU非常重要,CPU的计算速度决定了计算机的计算能力。也就是水桶效应中最上面的那块木板。比如序列拼接这个工作,需要将测序的reads切成更小 的片段,然后将这些小片段根据序列间的关系,连成更长的片段,那么这些片段有数百万至数千万,需要非常大的计算量。如果数据复杂,计算量就更大了。

另外,CPU还需要支持多核心,CPU是大脑,一个核心是一个心眼儿,所以,我们知道心眼越多的人越聪明。多核心就可以进行并行计算,在生物信息分析中,有些工作,可以进行并行计算。相当于原来一个人的工作,现在由100个同样的人来做,理论上速度快了100倍。因此,在硬件配置中,选择CPU是非常重要的。

2、内存

内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介,计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中,CPU才能用来计算,而CPU不能直接读取硬盘上的数据,必须通过内存这个缓冲区,举个例子,CPU是大脑,内存是脖子,脖子以下是硬盘。内存往往就是“瓶颈”。

假设一个人的全基因组测序数据,采用二代测序的方法,人的基因组3G,10被数据30G,那么这30G的碱基,在切成更小的kmer,假设数据增加到了100G,还不算存储序列的一些其他信息,序列拼接的时候必须一次将所有数据同时存入内存,如果内存达不到100G,拼接根本无法完成。
3、硬盘

硬盘其实是计算机硬件配置中非常重要的一环,但是硬盘往往容易被大家忽略掉,认为硬盘用来存储数据,只要需要足够大就行了,这是不对的。

首先大存储量是必须的,因为生物数据往往都称为生物大数据,非常消耗存储空间,包括原始的数据存储,中间分析结果,最终结果,数据备份等,尤其是在样品量大的时候,就会非常占据存储空间,一般都是以T为单位的。

其次,硬盘的读写速度,这个也是非常重要的因素,因为目前CPU计算速度和内存已经足够大了,这样的条件下,硬盘成为限制计算机整体性能的因素。因此使用SSD硬盘会明显改善计算机性能。由于目前SSD过于昂贵,可以选择SSD+机械硬盘的方案,硬盘要做成RAID提高读写速度和数据安全性。

4、显卡

可以选配显卡,这个并不是必须的,因为很多分析工作都是文本 *** 作,显卡适合于图形计算,例如计算蛋白质空间结构,构建系统网络等,可以选择配置显卡。

5、不间断电源UPS

UPS相当于一个大的移动电源,为了防止突然断电,导致数据丢失。UPS还是非常重要的。有些生物计算需要持续很长时间,例如拼接一个大的基因组,构建一个大的系统发育树等可能数十天时间,一旦断电,损失非常大,不要心存侥幸心理,灾难往往就发生在那些心存侥幸心理的人身上。

6、其他

冷却系统,如果是大型计算系统,设备会产生大量热量,需要建设冷却系统。

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这个关键要看云平台软件支持的最小硬件配置,很多都支持一台服务器搭建。只要配置支持vt的cpu(基本服务器都支持),硬盘,4-8核以上,内存8-16gb以上。配系统盘大于500GB,数据盘1-5TB不等(关键看你要存多少数据),然后一块千兆网卡。

如果用传统VDI架构的云桌面,后端服务器的配置至少要23GHZ 2C4T40=80C160T,内存的话4G40=160G,需要160G内存。这样的配置对于服务器的投入成本也是比较大的。特别是VDI作为传统的云桌面架构对于后端服务器硬件性能的高要求,以及对于网络带宽环境的高度依赖,给客户带来了较高的IT成本支出,用户体验也较差。考虑到你这边现有这40台瘦客户机终端的性能配置还是挺高的,为什么不采用前端计算模式的云桌面架构把这40台瘦客户机的性能利用起来呢,这样还能省去后端服务器的投入成本。目前有一种叫VOI的云桌面技术架构模式,VOI的出现在一定程度上解决了目前VDI所不能解决的问题,例如以目前高校校园中的电子教室为例, 要承载一间一百台终端教室的服务器至少需要近十万元,而同样的场景下采用VOI方案则服务器的成本却不及它的五分之一。 在电子教室以及一些从事图形图像处理、工程图纸设计及渲染的机构中,VDI更加暴露出在视频重定向方面的不足,在播放高清视频、图形处理过程中出现花屏、白屏假死等情况,相反VOI在这个方面表现得更加理想与本机运行毫无差异。

一、系统软件开发环境

(一)数据库服务器

*** 作系统为AIXUNIX,硬件为IBMP620小型机、硬盘为70GB、双CPU、内存为4GB,数据库为Oracle10g。

(二)应用服务器

*** 作系统为Windows2000Server,硬件为PC服务器、内存为2GB,ArcGIS9x,空间数据库引擎ArcSDE9x,防病毒软件等。

(三)客户端

*** 作系统为Windows2000或WindowsXP,PC计算机或便携机、主频17GHz以上、硬盘80GB以上、内存1GB以上,ArcGIS客户端应用程序,Oracle数据库客户端应用程序,防病毒软件。

(四)网络

基于TCP/IP的局域网、通过100/10M交换机连接主机与客户机。

二、系统软件运行环境

(一)数据库服务器

*** 作系统为开发的UNIX *** 作系统,硬件为小型机以上或计算机并行处理的机群或双机热备、硬盘不少于2TB、至少4CPU、内存大于8GB,基于并行处理的Oracle数据库和空间数据库引擎ArcSDE。

(二)应用服务器

*** 作系统为Windows2000Server或WindowsXPServer,硬件为高端PC服务器、硬盘不少于100GB、至少2CPU、内存4GB,ArcGIS9x,空间数据库引擎ArcSDE9x,本信息系统软件。

(三)客户端

*** 作系统为Windows2000或WindowsXP,PC计算机或便携机、主频17GHz以上、硬盘80GB以上、内存1GB以上,ArcGIS客户端应用程序,Oracle数据库客户端应用程序,防病毒软件。

(四)网络

企业内部网、行业网和互联网。路由器、交换机和防火墙。

100台局域网电脑做域控服务器需要单路四核的服务器,步骤如下:

1、首先第一步就是启动Windows server 2008 R2 *** 作系统,点击任务栏"开始"按钮,如下图所示。

2、接着就是进行唤出开始菜单列表,选择"所有程序→管理工具→Active Directory管理中心"项即可。

3、然后就是进行唤出"Active Directory管理中心"程序窗口,点击左侧"树视图"标签,如下图所示。

4、接着就是进行鼠标右击"mydc(本地)"文件夹,d出快捷菜单选择"新建→组织单位"项即可。

5、然后就是进行名称文本框输入组织单位名称,设置完成点击"确定"按钮,如下图所示。

6、最后完成域控服务器新建组织单位的 *** 作就完成了。

首先,启动安装好的2008服务器,如图,系统会自动打开“服务器管理器”。

注意:Windows2008中的所有配置几乎都可以在服务器管理中完成,所以认真掌握服务器管理器的配置对服务的熟练掌握很有帮助。

打开“服务器管理器”后,点击“诊断”如图:

选择“设备管理器”,右侧就可以看到目前所有安装就绪的设置。

注意:当这里,当新安装的某个设备不存在或者有**箭头时表示设备有异常。

当我们新添加设置后可通过在计算机名上点击右键,选择“扫描硬件”或“添加过时硬件”

我们可以选定其中的某个设备进行相关的 *** 作,例如驱动禁用,如图

也可以对驱动程序进行升级,右键选择“属性”,如图:

打开属性对话框,选择“驱动程序”,选择“更新驱动程序”

打开“更新驱动程序向导”,如图:

浏览新驱动位置,确定就可能完成驱动的升级 *** 作。

如果升级驱动后,发现系统存在不兼容或者其他不明原因的驱动报错,甚至蓝屏,你可以选择“回滚驱动程序”如图:

将驱动程序回滚到先前版本。


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原文地址: http://www.outofmemory.cn/zz/10339399.html

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