linux安装fftw3.zip

ubuntu/debian

apt-get install fftw

arch linux

pacman -S fftw

redhat/centos

yum install fftw

1、安装fftw-2.1.3.tar.gz

./configure --enable-float

make

make install

2、安装gromacs-3.2.1.tar.gz

./configure

make

make install

默认的是把程序安装到了/usr/local/gromacs/目录下。

3、编辑主目录下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行：

export PATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH

保存退出后，运行 source .bash_profile让PATH路径生效。

4、参考online的tutorial运行/usr/local/gromacs/share/tutor目录下的教程

其中以root帐号登陆安装，这很重要，否则没有权限哈。

当前我用的安装过程如下

1.Linux下root登陆

2.下载fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm两个软件

3.安装此软件 命令是 ＃ rpm -ive fftw3-3.0.1-4.i386.rpm

＃ rpm -ive gromacs-3.3-1.i386.rpm

4.这样两个软件就已经安装成功 另外，在官方网站（www.gromacs.org）的安装说明中也提到了讲tutor文件夹复制到用户新的文件夹。（在摸索这一步过程中吃了很多苦头，我不知道上面提到的安装中是不是编辑文件就可以达到这一步，我是linux和gromacs双重菜鸟，当然不会编辑bash文件了）我的方法是下载gromacs-3.3.1.tar.gz之后解压缩，然后在/share下找到tutor文件夹，将其copy出来到新的文件夹。这个文件夹中有几个gromacs自带的算例，对程序的上手很有帮助

5.运行＃ luck

然后可以看到诸如 "Jesus Can't Save You, Though It's Nice to Think He Tried" (Black Crowes)或者"Beat On the Brat With a Baseball Bat" (The Ramones)之类的语句，证明你的安装成功了！

6.按照网上提到的安装说明，gromacs是被安装在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安装后，gromacs被安装在了/usr/bin之下

安装成功，其实，关于gromacs的安装和使用，还是应该多看官方网站的tutor，毕竟这是一个free software，所以他的tutor是相当详尽的。因为这是一个free software 所以，需要大家一起努力为了gromacs更广泛的应用努力。

以下，我大体谈一下gromacs的文件类型

常用的gromacs文件有以下类型：

1.molecular topology files

初学分子模拟的我暂时称之为分子拓扑文件（不知道别人都是怎么翻译的），top file是pdb2gmx自动讲PDB格式文件转化生成的

2.molecular structure files

这种结构文件包括pdb gro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构文件，它们的不同在于格式，gro file还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用pdb格式的结构文件

另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件

3.molecular dynamics parameter files (mdp)

mdp files其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step number of steps tempratures pressure等等的参速

4.index files(ndx)

5.run input file (tpr)

将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是

top + gro + mdp + ndx = tpr

tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息

grompp程序处理所有的input文件生成tpr

6 trajactory files (trr)

这姑且成为轨道文件，读取trr文件对我来说走了很多弯路，曾经试图尝试使用guassview和vmd1.8.4等读图工具读取。后来跑到smth得知读取trr在gromacs中有一种自带程序 ngmx。

这种方式是利用软件源码进行安装，而源码安装首先要通过./configure这个配置文件，生成软件在你的机器上，就是根据你的机器配置生成相应的makefile文件，然后才能通过生成的makefile文件进行编译，连接等。。。

只有编译链接完成后，最能最终将这个软件安装到系统上去。

如果是利用rpm包进行安装的话，就没有这么麻烦了。

所有的后面的参数都是根据具体的机器配置进行设置的，通常情况下一般是不需要的！

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