什么是VCF文件：全称“The variant call format”，变体调用格式，是一种用于存储DNA多态性数据如snp、插入、删除和结构变体和丰富注释的通用格式。 什么是VCFtools：VCFtools是一个软件套件，它实现了

SAM 是sequence alignment format [ http:samtools.github.iohts-specsSAMv1.pdf] 的缩写， BAM文件是SAM的二进制文件 。当测序生成的fastq文件 比对到参

Fastq是测序数据下机格式，其中包含测序序列(reads)的序列信息及其对应的测序质量信息。 FASTQ格式文件中每个read由四行描述，如下： 其中第一蠢盯弊行以“@”开头，随后为Illumina 测序标识符(Sequence

前几天在柳城博客中看到《Perl处理Fasta序列的又一实例》一文。我以前就听说在生物医药领域perl使用极其广泛。我不懂生物学，是凑热闹的。 文章中给出了一段Perl脚本用来将一个fasta文件中的序列每两条一组分割成若干个文件。用Per

一、一代测序的结果以*.ab1和*.seq储存，其中*.seq文件可以使用记事本打开，储存的是测序的序列结果（ATCG序列，而且是峰值最高的信号所代表的碱基），而*.ab1文件需要用特殊的可视化软件打开，储存的是序列信息及测序时每个碱基的信

1.蛋白磷酸酶是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。近年来在植物中已经获得了丝氨酸苏氨酸蛋白酶PP1和PP2，它们参与植唤此物逆境胁迫

SAM 是用来存储核苷酸 序列比对信息 的文件格式。SAM Tools 工具包提供各种工具 处理SAM文件 。包括 功能 ：sorting, merging, indexing and generating alignments。安装教程

目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘，介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的 *** 作，使用包自带的数据。 我们需要去除物中过高和过

windows下面的话任何能处理大型棚搜文本文件的编手和孝辑器都可以的，毕稿例如LTFviewerlinux下直接cat file1 file2 &gtfile3 就可以合并文件了。目的：两文件第一列ID相同。不同的是第二列。

在转录组数据与参考基因组进行比对后，得到sam文件，后续分析需要将sam转换为bam，这里用到的工具是SAMtools。序列比对 —— Hisat2 -(jianshu.com)SAMtools的主要功能是读取、写出、编

目的：两文件第一列ID相同。不同的是第二列。 现把两灶判拿文件合并为一个 a.txt b.txt 思路·把一个文件的内容存为hash。另一个文件的id去遍历，打印这个hash --------------分割线-----

Illumina测序技术使用 簇生成和边合成边测序（SBS）化学技术对流动槽（flow cell）上数百万或数十亿簇（cluster）进行测序，具体簇的数目取决于测序平台。 在边合成边测序化学过程中，仪器上的实时分析（RTA）软件对每个簇的

Fastq是测序数据下机格式，其中包含测序序列(reads)的序列信息及其对应的测序质量信息。 FASTQ格式文件中每个read由四行描述，如下： 其中第一蠢盯弊行以“@”开头，随后为Illumina 测序标识符(Sequence

当你双击要打开的文件，Windows将检查文件胡敏扩展名。如果Windows能够识别的文件扩展名，它打开文件在程序与关联的文件扩展名。当Windows不能识别的文件扩裤团枝展名，您会收或乱到以下消息：篇目.sra文件扩展的细节Seque

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1. view Usage: samtools view [options] &ltin.bam&gt|&ltin.sam&gt[region1 [...]] 默认情况下不加 region，则是输出所

samtools是一个用于 *** 作sam和bam文件的工具集合。 view命令的主要功能是： 将输入文件转换成输出文件，通常是将比指衡对后的sam文件转换为bam文件 ，然后对bam文件进行各种 *** 作，比如数据的排序(和提坦逗明取(这些 *** 作

Illumina测序技术使用 簇生成和边合成边测序（SBS）化学技术对流动槽（flow cell）上数百万或数十亿簇（cluster）进行测序，具体簇的数目取决于测序平台。 在边合成边测序化学过程中，仪器上的实时分析（RTA）软件对每个簇的

尽量不要删启指，保留着。VCF是windows系统中的outlook名片存储格式文件。VCF是一个C++编写的开源项目，全名Visual Component Framework，中文名：可视化组件框悄芦配架。程序框架库可以算是系哗李统级软件